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本病发生原因可分为两类：其一，单纯性或非感染因素;其二，感染性或可传染性疾病。前者，除生理性包茎，包皮过长，性成熟以后，包皮垢刺激或少数机械怀损伤因素而发生龟头红肿，灼热的炎症改变;后者，除非感染因素所致的包皮龟头炎均属之，亦就是病原微生物为主导因素所引起的包皮龟头炎，其中以细菌性与真菌性感染为最常见。
感染性男性包皮龟头炎的病原菌除少数毒素强的细菌(如淋菌)外，大多都为非致病性微生物，或低毒细菌往往在条件具备情况下，可成致病因素，故亦称条件致病菌引起的疾病。 引起包皮龟头炎的条件致病菌中以真菌、毛滴虫或某些厌氧菌最多见，对于患包皮龟头炎的病人来说，这类致病菌来源多为外感所致，即就是性伴带菌而传给男性，遇到适宜的机体条件而发病。
条件致病菌不少以女性阴道为孳生地，可因女性每月内分泌变迁，影响阴道PH条件，有利于这类寄生菌活跃繁殖，数量增多，成为发病要素，产生局部搔痒，灼热，粘膜红肿，充血，甚而可使粘膜发疹或糜烂。随之刺激阴道分泌物增多，微生物(真菌或滴虫)的产物假膜形成絮状白带，或泡沫样分泌溢出，腥臭味日渐增重。在女性阴道微生物繁殖期间，男女性交，极易成为男性被感染的机会，导致包皮龟头炎的发生。感染局部产生红肿，发疹、糜烂、渗液及灼热、发痒一系列症状。
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