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然而实际情况是，在美国和墨西哥接连出现猪流感患者的同时，并没有发现任何猪在感染或传播这种病毒。世界卫生组织在4月24日确认墨西哥发生流感疫情后遂将这种流感称为“猪流感”。但是这一名称随后带来了诸多误解，并最终迫使WHO对其更名为“甲型H1N1流感”。
5月1日，世卫组织发言人托马斯•亚伯拉罕对“改名”的解释为，“给疾病和病毒命名的确很难。一开始，专家们称其为猪流感，因为从技术上这个新病毒被确定为包含猪流感病毒的毒株。理论上说这种病毒应该是由猪传染给人类。然而，专家们没有发现任何证据证明猪感染了这种新病毒。”
加拿大首席公共卫生官巴特勒•琼斯表示，这种病毒并不是一种猪病毒，因为我们没有看到它在猪之间传播，将它称为“猪流感”是因为它基因片段的大部分来自于猪。“但是它是在猪体内发生的突变，还是在人体内某些因素契合的时候发生的突变，我们并不知道。”
“我们可能永远都不会知道。”历史上，1918年大流感究竟是鸟传给人的还是猪传给人的，迄今没有确切的结论；SARS的起源也有许多不同的说法。
除了源头的模糊不清，更令人担心的是病毒在传播过程中的变异。一种担心认为，假如甲型H1N1病毒在猪的体内再与其他亚型的流感病毒，比如H5N1病毒，发生重配，后果可能是灾难性的。“任何时候，不光是在现在的情况下，我们都知道这是一种适应性非常强的病毒，它随时可能与人、猪或鸟类的流感病毒重新混合。”巴特勒•琼斯说道。
这的确是个难题，在医疗水平和科学技术如此发达的今天，我们仍然在遭遇一个“只不过是流感”的病毒时，面临着“迄今没有治疗甲型H1N1流感的有效药物，也没有有效的预防接种法，抗生素对甲型H1N1流感无效”的现实困境。这需要我们有所反思。
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